基因研究这么做，发个4分不费力（基因研究套路）
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miRNA系列衍生篇
上期我们给大家介绍了miRNA的SNP，核心思想其实就是miRNA的一个碱基变异后，会影响到miRNA本身的功能，从而影响下游。这期小鹿开门见山，这期介绍的核心思想是基因3’UTR区域发生突变，从而影响miRNA与基因的结合，导致基因的调控异常。
这次给大家介绍的文章是2017年发表在 Scientific Reports（简称SR，目前JCR1区）上的一篇文章。
在这篇文章之前，研究人员首先是发现FZD4的SNP与早期非小细胞肺癌病人的生存相关，是一项临床研究，文章于2013年发表在Cancer research上，有兴趣的同学可以去看看（所以，大家可以先做个临床的研究发一篇文章，完了可以再做个基础的发篇文章）。
在SR的研究中，研究人员先是确定了rs713065上的T > C的变化对FZD4基因表达影响。这里他们是将包含rs713065的变异（C）和野生型（T）等位基因的FZD4 3’UTR克隆到绿色荧光蛋白（GFP）报告质粒中，通过观察荧光强度来判断SNP有没有对FZD4的表达造成影响。A-E图的结果都表明，发生T > C的SNP变异后，荧光强度（A-C）、FZD4的mRNA表达量（D）和FZD4蛋白量（E）都显著的下降了。
对于上面的现象，作者用PCR发现是rs713065（C）介导了FZD4的mRNA的分解。在下图的结果中，可以观察到在SNP型（C）中存在mRNA被切断后的碎片，但在野生型（T）中则不存在那些碎片。
作者分别建模分析miRNA与FZD4的线性和二级结构之间的interaction，比较野生型和SNP型之间的差异后，预测的结果显示miR-204与发生变异后的3’UTR区有着更高的亲和力，有超过14个连续的互补核苷酸，自由结合能相对更低，也就是说相比野生型，变异后的SNP能更好的结合miRNA。
然后他们假设miR-204能真的结合FZD4基因包含等位基因“C”的3’UTR区域，并且在实验结果中发现miR-204真的会降低FZD4的表达，而且在SNP变异型中FZD4的表达量会降低得更多一些。研究者也用PCR证明，内生性的成熟miR-204与FZD4的表达是呈显著负相关的。
以上的结果总的来说就是证实了这个SNP变异型存在表达和调节上的特殊性，“我们不一样！”。而关于这个SNP变异型的表型和机制研究，那就是比较套路化的了，上过酸菜老师《36策》的同学一定不会感到陌生。
首先他们发现这个SNP变异体rs713065(C)会抑制肺癌细胞的克隆形成和转移。
最后的机制部分，可以通过荧光实验结果发现Wnt和FZD4之间是存在相互作用的。而B图中可以看到FZD4-SNP变异体的荧光强度明显低于野生型。随后他们也在信号通路图中也进一步证明SNP变异体rs713065(C)是通过下调FZD4来调节Wnt信号通路的。
好了，以上就是小鹿说的关于miRNA的SNP衍生出来的一个研究方向，不同的是这个SNP不发生在miRNA上，而发生在于miRNA结合的3’UTR区域上。
到此为止，小鹿说的“2个正面的角度和一个衍生的角度”也都给大家介绍完毕了。应该就有同学想问了，你告诉我们这些了，可是有什么用呢？还不是不知道到哪里去找这样的SNP。别着急，所谓好人做到底，送佛送到西，小鹿在这个系列里会给大家介绍两个数据库，供大家享用。
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